Het ontstaat door vulkanische processen, waarbij de steen zich vormt in de holtes van vulkanisch gesteente, zoals basalt. Deze holtes ontstaan door gasbellen die achterblijven wanneer het gesteente afkoelt. In de loop van miljoenen jaren sijpelt water dat rijk is aan silica (een vorm van kwarts) door het gesteente en vult de holtes op.

Het silica zet zich langzaam af en vormt kristallen, waarbij er lagen ontstaan die karakteristiek zijn voor agaat. Deze lagen stapelen zich op, en de kleurvariaties ontstaan door de aanwezigheid van verschillende mineralen, zoals ijzer of mangaan. In het geval van abrikoosagaat zorgen deze mineralen voor de warme oranje tot perzikkleurige tinten. Dit proces verloopt traag en resulteert uiteindelijk in een volledig gevulde holte met de kenmerkende banden en patronen die we herkennen in (abrikoos) agaat.