Blauwe apatiet ontstaat doorgaans als gevolg van hydrothermale processen, waarbij warm water dat rijk is aan mineralen door scheuren en spleten in gesteente stroomt. Het water bevat opgeloste calcium- en fosfaationen, die neerslaan en kristalliseren in de spleten en scheuren. Dit proces kan plaatsvinden in verschillende soorten gesteente, waaronder magmatische, metamorfe en sedimentaire gesteenten.

Sommige blauwe apatiet kan ook worden gevormd door pegmatietische processen, waarbij gesmolten magma langzaam afkoelt en kristalliseert in scheuren en spleten van het omliggende gesteente. Dit kan leiden tot de vorming van grote kristallen.

De uiteindelijke kleur van blauwe apatiet is afhankelijk van de specifieke chemische samenstelling en de omstandigheden van de vorming, waaronder de druk, temperatuur en de aanwezigheid van andere mineralen. Apatiet is een fostfaatmineraal, komt veel voor en bestaat in meerdere kleuren. Zo kan het grijs tot wit, geel, groen, blauw, violet of roze zijn. De samenstelling kan namelijk verschillen.

De algemene chemische formule van chloor- en fluorhoudend calciumfosfaat is Ca5(PO4)3(F,CI,OH). Meestal wordt in apatiet zowel fluor, chloor als hydroxyl aangetroffen. Omdat het verschil tussen deze drie mineralen moeilijk te zien kan zijn worden ze vaak samen beschouwd als apatiet. Er zijn echter gevallen bekend waarin de edelsteen compleet uit een van deze drie componenten bestond.